Территорию страны с юга на север пересекает Нил, имеющий истоки в Экваториальной Африке и образованный в результате слияния Белого и Голубого Нила. Впадает Нил в Средиземное море.

На участке между Асуаном и Каиром Нил течет через впадину в известняковом плато. Ширина долины меняется от 1–3 км на юге до 20–25 км на севере. Ниже Каира русло расширяется и переходит в многорукавную дельту площадью около 24 тыс. кв. км, раскинувшуся на 220 км с запада на восток и 170 км с юга на север, с многочисленными лагунными озерами. Ежегодные разливы Нила, сопровождавшиеся отложением на пойме большого объема плодородного ила, способствовали раннему развитию земледелия.

В результате строительства в 1960-е годы высотной Асуанской плотины на юге страны образовалось крупное озеро Насер, появилась возможность регулировать сток Нила и предотвращать катастрофические паводки. В Египте Нил не имеет ни одного постоянного притока. Испаряемость с поверхности реки значительно превышает количество атмосферных осадков.

На территории Египта начало паводка Нила приходится на июнь-июль, а его пик – на сентябрь. Зимой происходит постепенное снижение уровня воды, и в мае он минимальный. В это время вода прозрачна, тогда как в половодье – мутная из-за высокого содержания приносимых из экваториальных районов взвешенных наносов.

На Синайском п-ове, в Аравийской пустыне и на севере Нубийской пустыни в период дождей образуются временные водотоки и селевые потоки.